اولین ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام با حکم بنیانگذار انقلاب اسلامی به نام آیتالله سید علی خامنهای خورد که دوران چندان طولانی نبود و تقریبا بعد از یکسال به علت تغییرات در راس حاکمیت، ریاست مجمع نیز تغییر کرد